Przyczynę tego stanu należy upatrywać w wielu czynnikach, które możemy podzielić na trzy główne grupy:
I. Biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
Z pośród czynników biotycznych na kondycję zdrowotną drzewostanów Nadleśnictwa  Myślenice duży wpływ mają ssaki roślinożerne. Szkody wyrządzone przez zwierzynę łowną polegają na zgryzaniu wierzchołkowych części pędów młodych drzew wraz liśćmi i pączkami a także spałowaniu (obdzieranie zębami kory drzew)  oraz czemchaniu (zdzieranie kory drzew bądź tylko jej kaleczenie przez samce jeleniowatych, w czasie wycierania scypułu lub uderzania porożem o drzewo w okresie godowym).
W celu ochrony zakładanych i istniejących upraw przed zwierzyną stosuje się różne metody takie jak grodzenia upraw siatką leśną, palikowanie, zabezpieczanie sadzonki przed zgryzaniem za pomocą repelentu czyli środka chemicznego o działaniu odstraszającym.

Szkodliwe owady leśne dzielimy na szkodniki pierwotne, które atakują zdrowe drzewa (tzw. foliofagi, czyli owady liściożerne) i wtórne – atakujące i zasiedlające drzewa, osłabione w skutek działania innych czynników, takich jak susza czy zanieczyszczenia przemysłowe. W Nadleśnictwie Myślenice występowanie szkodników pierwotnych upraw i młodników nie ma znaczenia gospodarczego i ogranicza się do lokalnego występowania na jodle obiałki pędowej (nasilenie występowania w ostatnich latach), a w starszych drzewostanach obiałki korowej. Duże znaczenie mają szkodniki wtórne z pośród których największą rolę odgrywa między innymi: kornik drukarz, kornik drukarczyk, czterooczak świerkowiec, rytownik, drwalnik.
Ochrona przed szkodliwymi owadami to przede wszystkim wykładanie i kontrola pułapek feromonowych (urządzenie z feromonem – środkiem wabiącym owady) drzew pułapkowych (ścięcie i pozostawianie w lesie drzew, które po zasiedleniu przez szkodniki koruje się i wywozi z lasu), wyznaczanie i usuwanie drzew zasiedlonych czy też korowanie surowca drzewnego. W celach prognostycznych prowadzone jest  liczenie samic brudnicy mniszki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników  świerka, kontrola występowania szkodników korzeni.

Z pośród grzybów patogenicznych duże znaczenie ma opieńkowa zgnilizna korzeni, która opanowuje głównie drzewostany świerkowe w stopniu silnym i często doprowadza do powstawania posuszu. Mniejszą szkody powoduje huba korzeni czy choroby osutkowe.

II. Abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury)
Okres niedoboru wody (długotrwałe susze) jest istotnym czynnikiem prowadzącym do osłabienia nie tylko drzew iglastych. Gatunkiem liściastym wykazującym najsilniejsze zachwianie zdrowotności jest jesion, na którym wystąpiły typowe objawy dla zespołu chorobowego określanego jako „zamieranie jesiona".

Poważne szkody zwłaszcza w rejonach górskich wyrządzają huraganowe wiatry, które w latach 2004, 2007 i 2013 powaliły drzewa na dużym obszarze.

III. Antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Emisje przemysłowe są odpowiedzialne za obniżenie odporności i uszkodzenia szeregu organów drzew leśnych, zaburzenia obiegu materii i energii, zmian w chemizmie gleby, a w konsekwencji zamieranie lasów.

Pomimo zakwalifikowania lasów będących w zarządzie Nadleśnictwa Myślenice do najniższej III kategorii zagrożenia pożarowego istnieje ryzyko wystąpienia pożaru w tych lasach. Ryzyko to wiąże się z dużą penetracją lasów przez turystów oraz z nielegalnymi wjazdami motorami crossowymi i quadami. Prawdopodobieństwo powstania pożaru zwiększa też duża ilość wydzielającego się posuszu w drzewostanach świerkowych, zwłaszcza w leśnictwach Toporzysko i Sidzina.

Dużą rolę w działaniach profilaktycznych w zakresie ochrony przeciwpożarowej maja leśnicy, którzy w okresach zagrożenia wykonują patrole przeciwpożarowe oraz uświadamiają społeczeństwo o istniejącym zagrożeniu. Działania te mają charakter edukacji z młodzieżą szkolną oraz pouczaniu napotkanych turystów.

Niestety liczba terenowych pracowników administracji Lasów Państwowych nie jest wystarczająca, aby zapewnić w pełni skuteczną ochronę lasów przed pożarami. Apelujemy, więc do wszystkich osób korzystających z pobytu w lesie do alarmowania Straży Pożarnej, administracji Lasów Państwowych o każdym zauważonym pożarze oraz o nieostrożnym zachowaniu się innych osób zarówno w lesie jak i w jego bezpośrednim sąsiedztwie.